国有土地上房屋的拆迁程序为：

1、市、县级人民政府作出房屋征收决定；

2、市、县级人民政府公布征收补偿方案并公告征求公众意见；

3、被征收人与征收人在一定期限内协商补偿金额及安置方式，达成协议的签订补偿协议；

4、被征收人与征收人在一定期限内达不成拆迁补偿协议的，由市、县级人民政府作出房屋征收补偿决定；

5、被征收人在法定期限内对征收补偿决定不提起行政复议或行政诉讼的，市、县级人民政府申请人民法院强制执行，人民法院经审查符合条件的，裁定准予执行，并由市、县级人民政府组织实施强制执行；

6、被征收人在法定期限内对征收补偿决定提起行政复议或行政诉讼的，由行政复议机关或人民法院进行审理，审理过程中无法协调解决的，由人民法院作出判决，经两审法院判决确定征收补偿决定合法的，由市、县级人民政府申请人民法院强制执行，人民法院经审查符合条件的，裁定准予执行，并由市、县级人民政府组织实施强制执行；人民法院经审查认为征收补偿决定不合法的，判决撤销征收补偿决定。

集体土地上房屋拆迁程序为：

1、省级以上人民政府作出征地批文；

2、市、县人民政府发布征收土地公告；

3、市、县人民政府土地行政部门拟定征地补偿安置方案并公告征求公众意见；

4、市、县人民政府批准征地补偿安置方案；

5、被征收人与征收人就房屋补偿金额、安置方式进行协调，达成一致的签订拆迁补偿协议；

5、被征收人与征收人就房屋补偿金额、安置方式无法协调一致的，由土地行政部门作出限期腾地决定书；

6、被征收人在法定期限内不对限期腾地决定书提起行政复议或行政诉讼的，由市县人民政府土地行政部门申请人民法院强制执行，人民法院经审查符合法定条件的，裁定准予执行，并由市、县人民政府组织实施；

7、被征收人在法定期限内对限期腾地决定提起行政复议或诉讼的，由行政复议机关或人民法院进行审理，审理过程中无法协调解决的，由人民法院作出判决，经两审法院判决确定限期腾地决定合法的，由市县级人民政府土地行政主管部门申请人民法院强制执行，人民法院经审查符合条件的，裁定准予执行，并由市、县级人民政府组织实施强制执行；人民法院经审查认为限期腾地决定不合法的，判决撤销限期腾地决定。

国有土地上房屋的征收与集体土地的征收，在征收对象、征收主体、征收程序以及所适用的法律等方面均存在明显区别，不能在同一征收程序中既征收国有土地上的房屋，又征收集体土地。二者的区别表现在以下几个方面：

其一，从征收对象看，前者的征收对象是国有土地上的房屋，国有土地使用权与房屋一起征收；后者的征收对象是集体土地，地上的房屋则随着集体土地一并征收。

其二，从征收主体及实施主体看，国有土地上房屋的征收，由市、县级人民政府根据法定程序作出征收决定，由市、县级人民政府确定的房屋征收部门组织实施具体的征收与补偿工作；而征收集体土地，需要省、自治区、直辖市人民政府甚至是国务院批准，由市、县级以上人民政府予以公告并组织实施。

其三，从征收程序看，由于涉及土地用途的变更以及耕地保护等问题，在征收集体土地时，在办理征地审批手续之前，原则上应当先行办理农用地转用审批，国务院或者省、自治区、直辖市人民政府批准农用地转用的，同时办理征地审批手续。而国有土地上房屋的征收，因本身就属于国有土地，不存在农用地转用及审批的问题。

其四，从法律依据看，前者主要依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》进行，而后者的法律依据则是《中华人民共和国土地管理法》。